La Facultad de Odontología se creó como programa académico el 15 de setiembre de 1983, refrendada por la Resolución Rectoral Nro. 673-83-R-SMP. Con la promulgación de la Ley Universitaria se convirtió en Unidad Académica hasta el año 1986. Mediante Resolución Rectoral Nro. 462-86-R-SMP2 y por acuerdo de la Asamblea Extraordinaria se convierte en Facultad de Medicina y Odontología con sus respectivas escuelas profesionales.

Con fecha 19 de Agosto de 1988, mediante Resolución Rectoral Nro 063-88-R-SMP, se convierte a la Escuela Profesional de Odontología en Facultad de acuerdo a la Resolución Rectoral Nro. 004-89-R-SMP del 04 de Enero de 1989, siendo el primer Decano encargado el Dr. Rodrigo Castillo Ramírez.

A inicios de la década de los noventa se inició la construcción del local de la Facultad de Odontología en el distrito de San Luis y en el año 1997 empezó a funcionar la Clínica Universitaria que ha obtenido la categoría de Centro Odontológico otorgada por el Ministerio de Salud del Perú en el año 2007. Esta clínica brinda atención odontológica a la comunidad y atiende más de diez mil consultas mensuales en promedio.

Al año 2011 se han formado 54 promociones de cirujanos dentistas en las aulas de la Facultad de Odontología sede Lima. La Facultad otorga el grado académico de Bachiller en Odontología y el título profesional de Cirujano Dentista. Se han graduado 4819 estudiantes y obtenido el título 4580 de ellos. En el semestre 2011-I se matricularon 1703 estudiantes.

En el año 2006 inició sus actividades la Facultad de Odontología en la sede de la Filial Norte de la USMP en la ciudad de Chiclayo, departamento de Lambayeque. Esta sede cuenta con su primera promoción de 7 egresados. En el semestre 2011-I se matricularon 286 estudiantes.

En el año de 1997 se creó la sección de posgrado de la Facultad de Odontología empezando sus actividades con la Maestría en Periodoncia luego en el año 2006 se aprobó el funcionamiento de las especialidades de Odontopediatría, Cirugía Bucal y Máxilo Facial, Carielogía y Endodoncia, Ortodoncia y Ortopedia Maxilar y además la Maestría en Odontología.

Actualmente se encuentran funcionando la Maestría en Periodoncia y las especialidades de Endodoncia, Odontopediatría, Ortodoncia y Ortopedia Maxilar. El programa de posgrado ha formado a 7 maestros en Periodoncia. En el semestre 2011-I se matricularon 66 estudiantes.

La Facultad de Odontología de la USMP como institución formadora de profesionales con un sólido prestigio ganado a lo largo de sus 27 años de existencia, es consciente que las exigencias del sistema educativo nacional e internacional se encuentran en proceso de constante cambio y renovación y que la certificación de la calidad de las carreras y programas universitarios son procesos que indefectiblemente deben afrontar las instituciones que se precien de formar recursos humanos de calidad.